原为无人荒岛,巴拿马主教贝兰加(Tomas de Berlanga)在去秘鲁的途中于1535年发现了加拉帕戈斯群岛,命名拉斯·恩坎塔达斯(Las Encantadas)。在一些岛上发现了印加族陶器碎片,证明在西班牙人以前有人占领这些岛屿。16世纪有许多西班牙航海家在岛上逗留。17世纪末一些海盗以这些岛作为隐匿之所,在19世纪初捕鲸和捕海豹活动取代了海盗掠夺。群岛近300年没有主人,1832年在现今的圣玛利亚(Santa Maria)岛上开始殖民统治,厄瓜多尔正式占领群岛。英国博物学家达尔文1835年曾到岛上考察,岛上罕见的动物群对论证他的自然选择学说起了很大作用,群岛在国际上享有声誉。